Действие разворачивается параллельно событиям фильма Ультиматум Борна. Выясняется, что одновременно с проектом «Тредстоун» разрабатывался проект Разведывательного управления министерства обороны США «Аутком», который отличался от проекта ЦРУ «Тредстоун» тем, что агентам давали специальные таблетки-стимуляторы (синие — для мозга, зелёные — для мышц). Минус заключался в том, что эти пилюли нужно было принимать регулярно, в противном случае агент начинал физически и умственно деградировать и в итоге умирал. Одним из агентов был юноша Кеннет Джеймс Китсом, который официально считается погибшим на войне. После успешной подготовки он получает новое имя «Аарон Кросс» и становится пятым полевым агентом.

Однако затем, когда Джейсон Борн почти раскрывает замыслы ЦРУ о проекте «Блэкбрайар», Министерство обороны решает уничтожить все следы «Ауткома», чтобы не допустить судебных разбирательств над своими сотрудниками. Этой операцией руководит агент Эрик Байер, давний знакомый Кросса. Аарон, находящийся на тренинге в горах, регулярно принимая запасы стимуляторов, становится свидетелем гибели одного из своих коллег, после чего инсценирует свою смерть, вставив датчик слежения в пасть волка. Того убивают, и Аарон возвращается в Америку. В это время в биолаборатории, где проводили исследования агентов Ауткома, один из учёных убивает почти всех коллег, после чего кончает с собой. В живых остаётся только доктор Марта Шеринг, которую учёный не успел убить до прибытия охраны. Аарон, поняв, что её не оставят в живых, врывается к ней в особняк и спасает её от четырёх киллеров. Она сообщает, что ему нужны только синие таблетки, так как эффект зелёных уже зафиксирован специальным ретро-вирусом. Они пускаются в бега, чтобы найти для Аарона второй вирус, который зафиксирует действие синих.

На основе данных, известных Шеринг, они отправляются на Филиппины. Байер пытается её вычислить и внезапно обнаруживает фото Аарона. Поняв, зачем они отправились на химический завод по производству стимуляторов Ауткома, он отдает приказ поймать их и уничтожить. Марта вводит Аарону вирус и тем самым спасает его от интеллектуальной деградации. Они убегают, несмотря на обьявленную тревогу, попутно украв у заведующего лабораторией его золотые часы Ролекс. На следующий день их пытается убить очередной «спец», на этот раз из проекта ЛАРКС, но после долгой погони на мотоциклах им удаётся от него избавиться. Фильм заканчивается тем, что Аарон и Марта плывут на шхуне, выбирая маршрут для путешествия, а в Нью-Йорке идёт суд над участниками проекта «Блэкбрайар», который заканчивается не очень удачно.

http://filmix.net/trillery/49994-evolyuciya-borna-the-bourne-legacy-2012.html